مشکلات و مصائب تیم فوتبال استقلال در نقل و انتقالات تابستانی کم نبود و آنها تعدادی از مهره‌های خود را خواسته یا ناخواسته از دست دادند. ابراهیمی، حسینی، تیام، جباروف، نورافکن و قربانی ۶ بازیکن تیم استقلال بودند که در فصل جدید با پیراهن تیم‌های غیر ایرانی به میدان رفتند تا شفر از داشتن آنها محروم باشد.

این اولین بار نبود که در باشگاه استقلال چنین  اتفاقی می‌افتاد و استقلال هم تنها تیمی‌ نبود که بازیکنان کلیدی‌اش را از دست می‌دهد. تنها با اندکی فاصله در کنار استقلال تیمی بود به اسم پرسپولیس که آنها هم تعدادی از مهره‌های کلیدی شان را در این فصل از دست دادند. صادق محرمی، محسن مسلمان، فرشاد احمدزاده و وحید امیری چهار بازیکن تاثیر گذار و ملی پوش سرخپوشان بودند که از این تیم جدا شدند.

برانکو در حالی این چهار بازیکن تاثیرگذار را از دست داد که تیمش از دو پنجره نقل و انتقالاتی محروم بود. سرمربی سرخ پوشان هرگز در این مدت نام بازیکنان جدا شده را نیاورد و بابت جدایی آنها نه غر و لند کرد، نه مدیران باشگاهش را تحت فشار گذاشت و نه هوادارانشان را تحت تاثیر قرار داد. بلکه وی تنها با تکیه بر داشته‌هایش پیش رفت  و تمرکزش را گذاشت روی مهره هایی که برای او باقی مانده است. اگر سرخ پوشان در لیگ خوب پیش می روند و در آسیا هم توانستند الدحیل قدرتمند را در دیداری حماسه وار مغلوب کنند، یکی از اصلی ترین دلایلش همین اعتمادی بود که برانکو به داشته هایش داشت.

در استقلال اما شرایط کاملا متفاوت بود. شفر که در روزهای اصلی نقل و انتقالات به جای حضور در تهران و مدیریت نقل و انتقالات و آغاز تمرینات پیش فصل در اروپا حضور داشت و به کارشناسی جام جهانی در یک شبکه تلویزیونی مشغول بود، به جای آن که به داشته هایش اکتفا و اعتماد کند، دائما روی مهره‌های جدا شده تاکید داشت و بارها مراتب تاسف و گلایه اش را از این بابت اعلام داشت.

سرمربی آبی پوشان بر خلاف همتای خود در پرسپولیس از نقل و انتقالات محروم نبود و بازیکنان زیادی را هم به خدمت گرفت تا با خریدهای جدیدش جای خالی بازیکنان جدا شده را پر کند. اما شفر بر خلاف برانکو هنوز از فکر بازیکنان جدا شده بیرون نیامده و افسوس آنها را می‌خورد در حالی که می‌توانست روی داشته هایش که کم هم نیستند تمرکز کند.

پرسپولیس بعد از جدایی محرمی، احمدزاده، مسلمان و امیری تنها یک بازیکن به اسم علیرضا بیرانوند را در اردوی تیم ملی دارد در حالی که استقلال ۶ بازیکن ملی پوش دارد و مقایسه تعداد ملی پوشان دو تیم هم نشان می دهد که داشته‌های شفر به مراتب بیشتر از برانکو است. ضمن این که استقلال به جز ۶ ملی پوش چند بازیکن باتجربه مثل رحمتی، حیدری، باقری و تبریزی به علاوه ۳ بازیکن خارجی، یک ملی پوش امید و چند بازیکن جوان خوب مثل صیادمنش، آقایی و آذری را در اختیار دارد.