دریابان علی شمخانی با بیان این‌که برگزاری رفراندم را موجب شکل گیری تهدیدات جدید و شکننده علیه اقلیم کردستان عنوان کرد و اظهار کرد: در شرایطی که عراق با تلاش و جانفشانی مردم این کشور اعم از عرب، کرد، ترکمن و.. به مرحله پایانی پاک سازی خاک خود از لوث وجود تروریست‌های تکفیری نزدیک می‌شود، این اقدامات که وجاهت و اعتبار قانونی نیز ندارند به طور قطع اثرات ضد امنیتی بر منطقه، عراق و به ویژه اقلیم کردستان خواهد داشت.
شمخانی با اشاره به نقش تعیین کننده، موثر و قابل توجه کردها در دولت عراق و ضرورت تداوم بهره‌گیری از این ظرفیت در مسیر تقویت ساختارهای امنیتی، اقتصادی و سیاسی در اقلیم کردستان افزود: رویکرد مخالف کشورهای همسایه عراق با برگزاری رفراندوم در اقلیم ،شرایط پیچیده و دشواری را برای کردستان پس از رفراندوم ایجاد خواهد کرد.
دبیر شورای عالی امنیت ملی با تبیین اقدامات و فعالیت‌های سیاسی و دیپلماتیک جمهوری اسلامی ایران از طریق گفتگوی نزدیک با مسئولین اقلیم کردستان، دولت عراق، و همسایگان این کشور افزود: ایران به طور قطع صرفا، دولت واحد، یکپارچه و فدرال عراق را به رسمیت می شناسد.
نماینده مقام معظم رهبری با اشاره به موضع غیر قابل تغییر جمهوری اسلامی ایران در خصوص ضرورت حفظ تمامیت ارضی و وحدت سرزمینی عراق افزود: هرگونه خدشه به این اصل راهبردی، موجب بازبینی و تغییر جدی در روند همکاری موجود میان ایران و اقلیم کردستان عراق خواهد شد.
وی مشروعیت معابر و گذرگاه‌های مرزی جمهوری اسلامی ایران با مناطق اقلیم کردستان عراق را صرفا بدلیل وجود اقلیم به عنوان بخشی از عراق یکپارچه عنوان کرد و اظهار داشت: توافقات مرزی صرفا با  محوریت دولت مرکزی عراق پابرجا بوده و جدایی اقلیم کردستان از دولت مرکزی عراق به معنای مسدود شدن تمامی معابر و گذرگاه‌های مشترک مرزی خواهد بود.
بنا بر گزارش خبرگزاری صدا و سیما، شمخانی در بخش دیگری از اظهارات خود با اشاره به وجود توافقات نظامی و امنیتی میان ایران و اقلیم کردستان عراق خاطر نشان ساخت: جدایی اقلیم کردستان از خاک عراق به مفهوم پایان یافتن تمامی این توافقات خواهد بود و پس از آن ایران در چارچوب تامین امنیت مرزهای مشترک در رویکرد خود برای مقابله با حضور و فعالیت ضدانقلاب ایرانی که در مناطقی از کردستان عراق تردد دارند به صورت جدی تجدید نظر کرده و با شیوه های کاملا متفاوت نسبت به گذشته رفتار خواهد کرد.
دبیر شورای عالی امنیت ملی تصریح کرد: شمخانی با تاکید بر ضرورت تداوم گفتگو برای حل و فصل مسایل موجود و تجدید نظر دراتخاذ تصمیمات شتاب زده افزود: هنوز فرصت کافی برای مسئولان کردستان عراق برای اجابت دعوت های خیرخواهانه با هدف تامین منافع جامعه کردی وکشور عراق و جلوگیری از شکل گیری روندهای ضد امنیتی در منطقه وجود دارد.