مدتی از رسانه‌ای شدن مشکلات عدیده مرکز دایره‌المعارف بزرگ اسلامی می‌گذرد و بنا به اقتضای این وضعیت، اخبار متعددی در این خصوص هم در رسانه‌های خبری و خبرگزاری‌ها و هم در شبکه‌های مجازی به صورت وسیع انتشار یافته است؛ دردنامه‌های برخی از اعضای مرکز در رسانه‌های مجازی انتشار می‌یافت و هرازگاهی نیز برخی از اصحاب رسانه‌ها دلنگرانی‌های خود را ابراز و به چند و چون و چیستی مسئله می‌پرداختند.

حکم اخراج سیدصادق سجادی از مرکز به عنوان معاون پژوهشی آن و همچنین اظهار نظر سیدجواد طباطبایی در خصوص وضعیت مرکز و میل به عدم تمدید قراردادها، نشان از وجود مشکلاتی عمیق‌تر در این مرکز بود. اگرچه سیدمحمدکاظم موسوی بجنوردی در مصاحبه‌ای علت مشکلات به وجود آمده را صرفاً مالی و مضیقه‌های متأثر از آن دانست اما این به تنهایی عامل مشکلات نبود و مشکلات جدی‌تر و مهمتر یکی پس از دیگری رخ می‌نمود.

در این میان و بر اساس آخرین اظهارات موجود طرح برگزاری مناظره در خصوص وضعیت و آینده مرکز از سوی طیف طیف منتقدان وجود سوء مدیریت در راهبری مرکز طرح و رسانه‌ای شده است؛ محمد میلانی نویسنده و محقق حوزه فلسفه‌های مدرن که از ابتدای سال جاری علت همه مشکلات موجود در دایره المعارف بزرگ اسلامی را در نحوه مدیریت کلان مرکز می‌داند، در آخرین واکنش خود طرح برگزاری مناظره با رئیس مرکز را طرح کرده است.

وی هدف از این طرح را صرف و محض دلنگرانی از وضعیت فعلی آن و تأسف از آینده نه چندان روشن این مرکز بزرگ اسلامی می‌داند. به زعم وی مشکلات مالی و نیز اغلب مشکلات اداری و نحوه اداره‌کرد نیروی انسانی مرکز، ناشی از وجود نقایص عدیده در نحوه مدیریت این مرکز است.

میلانی می‌گوید: اگرچه در سال‌های گذشته و چند دهه پیش، این مرکز به فعالیت خود ادامه می‌داد و نه مشکلی بود و نه انگشت اتهام به سمت شخص خاصی نشانه رفته بود، دقیقاً به این معنا بود که مدیریت مرکز چرخشی اینچنینی که در دو سال گذشته شاهد آن هستیم، از خود نشان نداده بود و اهالی شریف جامعه فکری و علمی کشور به راحتی و بدون چشمداشت در این مرکز مشغول به کار بودند.

برخورد تند رئیس مرکز با سیدصادق سجادی در روزهای گذشته، مدعاهای مکرر وی در میان پرسنل مرکز دال بر شخصی خواندن ملک مرکز و هرآنچه که از میراث مادی و معنوی در آن وجود دارد، عدم ارائه پاسخی شفاف به شکوائیه سیدجواد طباطبایی، عامل استکبار جهانی و اسرائیل خواندنِ منتقدانِ عملکرد وی و از همه مهمتر نبود شفافیت در میزان مخارج و عایدی‌های مرکز و نبود نظارت در وضعیت و کنترل مجموعه «رایزن» به عنوان بازوی مالی و تأمین منابع آن برای مرکز، همه و همه مسائلی است که به گفته میلانی هیچ پاسخی از سوی رئیس مرکز در خصوص آنها ارائه نشده است.

وی می‌افزاید: از این روی احساس منتقدان و تعدادی از بزرگان و مفاخر کشور به عنوان تنها راه متمدنانه و موجود، برگزاری مناظره‌ای در این خصوص است تا هم وضعیت مدعاهای منتقدان مشخص شود و هم مستنداتی در خصوص مدعاهای رئیس مرکز دایره المعارف بزرگ اسلامی ارایه شود.

میلانی همچنین عنوان کرد: طرح مناظره در صورت برگزاری در حضور نمایندگان رسانه‌ها صورت خواهد گرفت و به الزام بنده بنا نیست طرف مقابل رئیس مرکز باشم. تعدادی چند از چهرهای فرهنگی و فکری معروف نیز اعلام آمادگی کردند که در صورت لزوم این مناظره با حضور آنها و آقای سیدکاظم موسوی بجنوردی برگزار شود تا راهی به سوی رهایی این بزرگترین مرکز خصوصی فکری و تحقیقاتی در عالم اسلام  از مشکلات موجود باز شود.

همچنین میلانی در یادداشت اخیر خود به نحوه مدیریت خانوادگی و خصوصی این مرکز انتقاد جدی وارد کرده و خواستار اداره این مرکز به صورت گروهی زیر نظر برجسته‌ترین چهره‌های مستقل فکری در کشور شده است.