دبیر شورای‌عالی امنیت ملی با اشاره به ترور شهید فخری زاده گفت: دستگاه‌ها و سیستم‌های اطلاعاتی به این اطلاع رسیدند که ایشان هدف است و در همین نقطه‌ای که ایشان به شهادت رسید، قرار است اقدامی علیه ایشان صورت بگیرد، تمهیدات ایمنی لازم هم در ارتباط با حفاظت ایشان صورت گرفت، اما این‌بار دشمن از سبک و شیوه‌ای کاملا حرفه‌ای، تخصصی و جدید استفاده کرد و متاسفانه موفق شد.

رییس قوه قضاییه گفت: دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی در شناسایی و انهدام شبکه نفوذ درنگ نکنند.

رئیس جمهور در جلسه فوق العاده صبح امروز هیئت دولت، ضمن تبریک و تسلیت به مناسبت ترور ناجوانمردانه و شهادت سرافرازانه محسن فخری زاده، دستور پیگیری لازم جهت پیشگیری و مقابله با این قبیل اقدامات ناامن کننده را صادر کرد.

نمایندگان مجلس شورای اسلامی دو فوریت طرح اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها را تصویب کردند.

رئیس مجلس شورای اسلامی در واکنش به ترور شهید محسن فخری زاده گفت: دشمن جنایتکار پشیمان نمی شود مگر با واکنشی قوی که هم در مقابل خطاهای احتمالی آینده دشمن بازدارندگی ایجاد کند و هم بابت این جنایات از آنها انتقام بگیرد.

سخنگوی وزارت امورخارجه کشورمان اخبار منتشر شده در خصوص حکم ۲۰ سال حبس برای اسدالله اسدی دیپلمات کشورمان را نادرست خواند.

ترور محسن فخری‎زاده، رییس «سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع» با واکنش گسترده نمایندگان مجلس شورای اسلامی روبرو شد؛ آن ها از ادامه مسیر پیشرفت و تعالی کشور سخن گفته و در عین حال وعده گرفتن انتقام خون این شهید را دادند تا جایی که رییس مجلس تاکید کرد که «انتقام گرفتن از آمران و عاملان این جنایت های بزرگ هزینۀ سنگین و غیرقابل بازگشت این ترورها را برای آنها مشخص خواهد کرد.»

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده پیامی صادر کردند.

رئیس جمهور در پیامی با تسلیت شهادت شهید دکتر محسن فخری زاده، تاکید کرد: بی شک این حادثه تروریستی و مذبوحانه ناشی از عجز و ناتوانی دشمنان قسم خورده ملت ایران در برابر حرکت علمی و افتخارات و توانمندی های ملت بزرگ ایران و شکست های پی در پی آنان در منطقه و دیگر عرصه‌های سیاسی جهان بوده و عمق خباثت و کینه آنان را همچون دیگر اقدامات غیرانسانی، در اذهان جهانیان زنده کرد.

وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در اطلاعیه‌ای از به شهادت رسیدن رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع در جریان عملیات تروریستی خبر داد.